Tomáš Hubočan (ur. 17 września 1985 w Żylinie) – słowacki piłkarz występujący na pozycji obrońcy, były reprezentant Słowacji.
Kariera klubowa Hubočan jest wychowankiem MŠK Žilina. W lidze zadebiutował 13 listopada 2004 roku w wygranym 6:0 meczu z MFK Ružomberok. W styczniu 2006 roku trafił na półroczne wypożyczenie do FC ViOn Zlaté Moravce. Po powrocie do Žiliny został podstawowym graczem zespołu, zdobył mistrzostwo kraju, a także trafił do najlepszej jedenastki sezonu. W lutym 2008 roku za kwotę prawie 4 milionów Euro trafił do Zenitu Petersburg. Już w pierwszym roku w nowych barwach zwyciężył w rozgrywkach o Superpuchar Rosji, a także Superpuchar Europy.
30 września 2008 roku dostał szansę debiutu w meczu Ligi Mistrzów przeciwko Realowi Madryt. Na nieszczęście zawodnika już w 4. minucie zaliczył samobójcze trafienie. Za kadencji trenerów Dicka Advocaata i Anatolija Dawydowa zaliczył zaledwie 22 mecze ligowe w ciągu dwóch lat. Dopiero w roku 2010 gdy trenerem został Luciano Spalletti Hubočan został podstawowym zawodnikiem Zenita. Wywalczył z klubem dwa mistrzostwa kraju: 2010, a także 2011/12. W roku 2014 po objęciu drużyny przez André Villas-Boasa Słowak trafił na listę transferową.