Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości i powrocie wiernych z bieżeństwa władze nie wyraziły zgody na reaktywację parafii prawosławnej. Świątynia została w 1927 przekazana Kościołowi neounickiemu, powołanemu do istnienia 3 lata wcześniej. Wyznawcy prawosławia spotykali się na nabożeństwach w kaplicy domowej i pozostawali pod opieką mnichów z monasteru w Jabłecznej. Stan taki trwał do 1947, tj. do wysiedlenia prawosławnych mieszkańców Kostomłotów w ramach akcji „Wisła”. Parafia neounicka oficjalnie wznowiła działalność w 1955. mały|lewo|Fragment cmentarza neounicko-prawosławnego w Kostomłotach Parafia prawosławna w Kostomłotach została reaktywowana w 2003, w związku z utworzeniem męskiego monasteru. W latach 2003–2004, staraniem arcybiskupa lubelskiego i chełmskiego Abla, sprowadzono z Dobrowody drewnianą cerkiew, którą zrekonstruowano, gruntownie wyremontowano i na nowo wyposażono. Ikonostas wykonał Mirosław Trochanowski, absolwent Policealnego Studium Ikonograficznego w Bielsku Podlaskim. W 2005 cerkiew konsekrowano pod wezwaniem św. Serafina z Sarowa. 3 maja 2006 w świątyni umieszczono kopię ikony Iwerskiej Ikony Matki Bożej, przywiezioną przez mnichów ze Świętej Góry Atos.
W 2013 r. miała miejsce rozbudowa obiektów monasterskich.