Geologia, morfologia Jaskinia Gombasecka jest jaskinią typu wywierzyskowego, tj. taką, która posiada aktywny tok wodny, uwidoczniający się na powierzchni w postaci wywierzyska, które stało się drogą do odkrycia i eksploracji jaskini. Powstała w jasnych, tzw. wettersteinskich wapieniach, pochodzących ze środkowego triasuObjavenie Gombaseckej jaskyne [w:] Enviroportál . Jej podziemne korytarze wytworzył wzdłuż starszych szczelin i pęknięć górotworu Czarny Potok (słow. Čierny potok) i jego dopływy. Jaskinia powstała w dwóch etapach ewolucyjnych, co wyraźnie uwidacznia się obecnie w postaci dwóch pięter korytarzy i sal. Posiada bogatą szatę naciekową. Słynie zwłaszcza z unikalnych, śnieżnobiałych, szklistych stalaktytów rurkowych, zwanych makaronami, sięgających długości 3 m, które kontrastują z czerwono-brunatną barwą ścian. Temperatura w jaskini wynosi 9 °C, zaś wilgotność 95-97%.
Historia Jaskinia została odkryta w 1951 r. przez grupę speleologów z Rożniawy (m.in. Ladislav Herényi, Viliam Rozložník i Štefan Roda). Sztucznym przekopem obniżyli oni poziom wody Czarnego Wywierzyska, by następnie osuszonym wypływem 21 listopada 1951 r. dostać się do wnętrza jaskini.