Najtragiczniejszym momentem tamtego okresu jest najazd kozacko-moskiewski w 1655. Wówczas wymordowano około 2000 Żydów oraz doszczętnie zniszczono miasto żydowskie. Ocaleni Żydzi zaczęli wynajmować lokale mieszkaniowe w dzielnicy chrześcijańskiej. W XVII wieku duża grupa Żydów zaczęła się osiedlać również na Kalinowszczyźnie, która była podkahałem gminy lubelskiej. Wkrótce przy obecnej ulicy Towarowej wzniesiono synagogę.

Odbudowa i okres rozwoju W drugiej połowie XVIII wieku odrodziła się lubelska gmina żydowska i już w 1787 w mieście mieszkało 4231 osób wyznania mojżeszowego. Na początku XVII wieku Żydzi zaczęli się osiedlać na Piaskach, gdzie posiadali synagogę oraz w Wieniawie, gdzie również była osobna synagoga. W 1794 Jakub Izaak Horowitz otworzył własną synagogę. Była to pierwsza legalna chasydzka bożnica w centralnej Polsce.

W 1829 przy ulicy Walecznych założono nowy cmentarz żydowski. W 1854 zawaliły się stropy synagogi Maharszala. W 1866 zakończono jej odbudowę;