W lipcu 1989 roku Webb przeszedł za półtora miliona funtów do Manchesteru United, prowadzonego przez menedżera Alexa Fergusona. 19 sierpnia rozegrał swój pierwszy mecz w zespole „Czerwonych Diabłów”, którzy pokonali 4:1 Arsenal F.C. i zdobył jedną z bramek dla nowej drużyny. Jednak po trzech tygodniach doznał kontuzji ścięgna Achillesa, która wyeliminowała go z gry aż do marca 1990 roku. Na koniec sezonu wystąpił w obu finałowych spotkaniach Pucharu Anglii, zwycięskich nad Oldhamem Athletic. W sezonie 1990/1991 Neil był już podstawowym zawodnikiem United i wywalczył Puchar Zdobywców Pucharów, jednak nie wystąpił w wygranym 2:1 finale z Barceloną. W 1992 roku zdobył Puchar Ligi, jednak na skutek kłótni z Fergusonem po sezonie odszedł z zespołu, dla którego rozegrał 75 ligowych meczów i zdobył 8 bramek.