Decyzję o budowie nowej siedziby przy ulicy Rakowickiej w Krakowie została podjęta w 2013 roku. Działkę pod budowę pozyskano od Agencji Mienia Wojskowego. Kamień węgielny został wmurowany 8 czerwca 2018 roku. Budynek został przez wykonawców przekazany 29 maja 2020 roku. Po wyposażeniu go przeniesiono zbiory z ekspozytury w Spytkowicach i 5 lokalizacji w Krakowie. Inauguracja nowej siedziby miała miejsce 30 września 2020 roku. Nowa siedziba archiwum o powierzchni 14 000 m² składa się z 2 segmentów: magazynowego i biurowego.
Oddziały Siedziba Dyrekcji Archiwum znajdowała się w Krakowie przy ul. Siennej 16, w budynku dawnego Szpitala Ubogich Parafii Mariackiej, a obecnie przy ulicy Rakowickiej 22E.
W Krakowie znajduje się Centrala Archiwum w Krakowie i oddziały: Oddział I – akt staropolskich grodzkich i ziemskich, archiwów rodów i rodzin, kolekcji i zbiorów (do 2020 roku Wawel 5, obecnie Rakowicka 22E) Oddział II – akt administracji państwowej ogólnej i specjalnej, sądownictwa z XIX i XX w. (do 2020 roku ul. Grodzka 52, obecnie Rakowicka 22E) Oddział III – akt miasta Krakowa, samorządu terytorialnego, wyznaniowych, szkół i organizacji społecznych, (do 2020 roku ul. Sienna 16, obecnie Rakowicka 22E) Oddział IV – akt najnowszych wytworzonych po 1945 roku oraz akt jednostek gospodarczych z XIX i XX w., (do 2020 roku ul.