Syn Tomasz w 1978 zamieszkał samodzielnie w zakupionym przez malarza mieszkaniu znajdującym się w odległości ok. 100 metrów, przy ul. Mozarta. Obie matki wymagały opieki ze względu na ich wiek (matka Beksińskiego stała się obłożnie chora) i zmarła w mieszkaniu artysty (Stanisława Beksińska żyła w latach 1899–1988, a Stanisława Stankiewicz w latach 1898–1996). W późniejszych latach także żona artysty zapadła na chorobę (tętniak aorty), w wyniku czego zmarła 22 września 1998. Ich syn, Tomasz, popełnił samobójstwo rok później, 24 grudnia 1999. W związku z tymi wydarzeniami oraz twórczością i śmiercią samego artysty rodzina Beksińskich jest określana przez niektórych jako „przeklęta”.
Zdzisław Beksiński został zamordowany w swoim mieszkaniu w Warszawie przy ulicy Sonaty 6 m. 314 w nocy z 21 na 22 lutego 2005, na kilka dni przed swymi 76. urodzinami. Zabójcą okazał się Robert Kupiec, liczący wówczas 19 lat mieszkaniec Wołomina. On sam, jego ojciec, matka i siostry od lat pracowali dla artysty, zajmując się dokonywaniem drobnych napraw i sprzątaniem. Motywem morderstwa miało być to, że Beksiński odmówił udzielenia pożyczki sprawcy. Zabójca zadał malarzowi siedemnaście pchnięć nożem, po czym razem ze swoim 16-letnim kuzynem wyniósł ciało na balkon i usiłował zatrzeć ślady zbrodni (m.in. usuwając ślady krwi).