W czasie II wojny światowej, podczas trwającej okupacji niemieckiej, Zdzisław Beksiński uczęszczał do szkoły handlowej w Sanoku (Polnische Öffentliche Handelsschule), jednocześnie pobierając edukację w ramach tajnego nauczania. Uczył się także gry na fortepianie. W wyniku eksplozji spowodowanej zabawą niewybuchami wojennymi utracił część kciuka i palca wskazującego u lewej ręki. W 1947 ukończył klasę o profilu matematyczno-fizycznym i zdał egzamin dojrzałości w Liceum Ogólnokształcącym w Sanoku (wykonał wówczas pamiątkowe maturalne tableau). Pierwotnie planował studia na Akademii Sztuk Pięknych (gdzie się dostał) albo w szkole filmowej. Ostatecznie, wskutek namowy ojca, rozpoczął studia na Wydziale Architektury Politechniki Krakowskiej. W trakcie studiów zawarł związek małżeński z Zofią Heleną Stankiewicz (ur. 1928Tu podano 1926 jako rok urodzenia Zofii Beksińskiej. ., absolwentka filologii romańskiej) 30 kwietnia 1951 w Dynowie, tj. w jej rodzinnej miejscowości. 31 maja 1952 uzyskał tytuł inżyniera architekta i magistra nauk technicznych.