Od stycznia przyjmowano już ambulatoryjnie pacjentów w Zakładzie Teleradioterapii. Pod koniec 1993 r. otwarto oddziały: Chemioterapii (dr Jerzy Tujakowski), Radioterapii (dr Benedykt Szamocki), Ginekologii Zachowawczej (dr Jerzy Sukowski), Brachyterapii (dr Anna Kuźmińska). 26 marca 1994 r. szpital uroczyście otwarto, lecz prace wykończeniowe trwały do 1996 r., kiedy otwarto oddziały: Chirurgii Onkologicznej oraz Anestezjologii i Intensywnej Terapii.
Od 1994 r. przy szpitalu działa również placówka opieki paliatywnej Dom Sue Ryder w Bydgoszczy, która w 2000 r. usamodzielniła się jako Regionalny Zespół Opieki Paliatywnej - Dom Sue RyderEncyklopedia Bydgoszczy, t. 5. Medycyna. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , s. 105. W 1999 r. rozpoczął działalność Zakład Medycyny Nuklearnej, a w rozbudowanym Zakładzie Teleradioterapii uruchomiono linię terapeutyczną. W 2001 r. powstał Zakład Profilaktyki i Promocji Zdrowia. W 2002 r. otwarto Pracownię Rezonansu Magnetycznego, a także Centrum Diagnostyczno Lecznicze – filię RCO we Włocławku. 28 sierpnia 2003 r. zmieniono nazwę na Centrum Onkologii i otwarto pierwszą w Polsce Pracownię Pozytonowej Tomografii Emisyjnej PET-CT.