W październiku 1941 roku został przydzielony do sztabu dowódcy SS i policji w dystrykcie Galicja. Wkrótce objął stanowisko zwierzchnika sieci obozów pracy dla Żydów, które Niemcy zorganizowali w kilku miejscowościach powiatu złoczowskiego (m.in. Lackie Wielkie, Jaktorów, Płuhów, Sasów, Złoczów). Był odpowiedzialny za całość spraw związanych z wykorzystaniem przymusowej pracy Żydów w rejonie Złoczowa. Miał opinię fanatycznego antysemity. W podległych mu obozach panowała bardzo wysoka śmiertelność, a on sam niejednokrotnie osobiście znęcał się nad żydowskimi więźniami. Uczestniczył także w likwidacji gett w powiecie złoczowskim. W pierwszej połowie 1943 roku nadzorował likwidację obozu pracy w Złoczowie.
1 lipca 1943 roku objął stanowisko komendanta obozu janowskiego we Lwowie. Wraz z jego przybyciem nieco zelżał terror, który strażnicy stosowali dotąd wobec więźniów. Między innymi Warzok zabronił esesmanom samowolnego mordowania więźniów w obrębie obozu. Eliyahu Jones przypuszczał, że owo złagodzenie obozowego reżimu było jednak wyłącznie zabiegiem dezinformacyjnym, mającym – wobec zbliżającej się likwidacji obozu – zapobiec ewentualnemu buntowi. Jednocześnie Warzok sprowadził ze Złoczowa kilku „zaufanych” Żydów, którzy stali się jego konfidentami.