Od 1819 do 1846 roku był profesorem gimnazjalnym w Hradcu Králové. W 1819 roku zawarł związek małżeński z aktorką Anną Švamberkovą (zm. 1837). Przyszłą żonę poznał w miejskim teatrze amatorskim (późniejszy Teatr Kajetański), którego był współzałożycielem i w którym pracował jako dyrektor do 1837 roku. Za zasługi dla miasta został mianowany honorowym obywatelem Hradca Králové. W 1838 roku zawarł, po raz drugi, związek małżeński z A. Trnkovą. Z dwóch małżeństw miał piątkę dzieci. Jego synem był pisarz Ivan Klicpera.
W 1846 roku powrócił do Pragi, gdzie nauczał w Szczepańskim Gimnazjum Akademickim (Akademické gymnázium Štěpánská). Jego uczniami byli m.in. Vítězslav Hálek, Jan Neruda, Alois Vojtech Šmilovský oraz pisarz i rewolucjonista Josef Václav Frič. W 1848 roku został członkiem Komitetu Narodowego i trybunem Legii Akademickiej. Wkrótce został również członkiem Królewskiego Czeskiego Towarzystwa Naukowego. W 1850 roku zasiadał w radzie szkolnej, a 1852 roku został dyrektorem Szczepańskiego Gimnazjum Akademickiego, w którym językiem wykładowym był język czeski. Niebawem został zmuszony do rezygnacji z tej funkcji. Pretekstem do jego odwołania było, niezgodne z obowiązującym austriackim prawem, wydawanie czeskojęzycznego czasopisma przez uczniów tej szkoły.