Po upadku powstania listopadowego i konfiskacie dóbr Czartoryskich przez rząd carski, większość elementów kamiennych umieszczonych w ścianach została przez Rosjan usunięta i zniszczona. Jeszcze w 1869 rosyjski minister oświaty Dmitrij Tołstoj polecił usunąć wszelkie świadectwa polskości, a wartościowsze rzeczy wywieźć do Petersburga. Te, które zostały odnalezione, wróciły w miarę możliwości na swoje miejsce. Głowy wawelskie w liczbie 24, umieszczone przez księżną Izabelę pod drewnianym stropem gotyckich arkad, w wyniku postanowień traktatu ryskiego wróciły z Rosji i trafiły do Sali Poselskiej na Zamku Królewskim na Wawelu. Obecny wygląd Domu Gotyckiego różni się od jego wyglądu w czasach świetności. Współcześnie obok budynku znajduje się kamienne źródełko oraz kopia posągu Tankred i Klorynda. Dom Gotycki i zgromadzone w nim zbiory wchodzą w skład Muzeum Regionalnego w Puławach, prowadzonego przez Polskie Towarzystwo Turystyczno-Krajoznawcze.