Kilkakrotnie interweniował tam zbrojnie w interesie synów swego teścia Jeremiego (zmarłego w 1605) wraz z pozostałymi jego zięciami wywodzącymi się z polskiej magnaterii (Samuelem Koreckim i Stefanem Potockim), przyczyniając się w ten sposób do zadrażnienia stosunków polsko-tureckich, które zaowocowało kilkanaście lat później wybuchem wojny polsko-tureckiej. Najważniejsze interwencje Wiśniowieckiego w Mołdawii miały miejsce w 1607, gdy odebrał wraz z Potockim i Koreckim tron mołdawski Michałowi Mohyle i osadził na nim swego szwagra Konstantyna Mohyłę, oraz w 1615, gdy pokonał razem z Koreckim Stefana Tomșę i wprowadził na tron mołdawski innego swego szwagra Aleksandra Mohyłę.
Zmarł w 1616 w Mołdawii od trucizny podanej w komunii świętej. Został pochowany w cerkwi zamkowej w Wiśniowcu.