nosi dziś nazwę Museu Paraense Emílio Goeldi.
W 1905 roku Émil Goeldi z powodów zdrowotnych zrezygnował ze swoich obowiązków i powrócił do Szwajcarii, gdzie zmarł w 1917 roku w wieku 58 lat.
Na jego cześć nazwano wiele gatunków południowoamerykańskiej fauny, m.in.: Myrmeciza goeldii – czarnomrowik czerwonooki Callimico goeldii – miko czarny Flectonotus goeldii – tragarz miskowaty
Jego synem był Oswaldo Goeldi, brazylijski rytownik i rysownik.
Wybrane prace Goeldi, E. A. (1886). Bericht über zwei ältere, unbekannt gebliebene illustrierte Manuskripte portugiesisch-brasilianischer Naturforscher. I. Die zoologischen Zeichnungen von Alexander Rodriguez Ferreira. II. Die zoologischen Zeichnungen von Arruda da Camara. Zoologische Jahrbücher, Jena, 2, 175-184 Goeldi, E. A. (1892). Zur Orientierung in der Spinnenfauna Brasiliens. Mitteilungen aus dem Osterlande (Neue Folge), 5, 200-248 Goeldi, E. A. (1897). A lenda amazônica do "cauré". Bol. Mus. Paraense, 2, 430-441 Goeldi, E. A. (1897). On the nesting of Cassicus persicus, Cassidrix oryzivora, Gymnomystax melanicterus and Todirostrum maculatum. Ibis, 7(3), 361-370 Goeldi, E. A. (1898 (1897)). A lenda amazônica do "cauré". Bol. Mus. Paraense, 2, 430-441 Goeldi, E. A. (1900).