Obecny kształt powstał w 1973 roku.
Lokalizacja Departament leży w centrum Regionu Wschodniego, między równoleżnikami 22°00’ i 23°30’ szerokości południowej oraz południkami 58°00’ i 56°06’ długości zachodniej.
Granice:
Południe: rzeka Ypané, która oddziela San Pedro od Concepción Północ: rzeki Manduvirá i Hondo Stream płyną na granicy z Cordillera; a także góry San Joaquín Cordillera oddzielają San Pedro od Caaguazú Wschód: rzeka Aguaray na granicy z Amambay oraz rzeki Jejuí Guazú, Curuguaty i Corrientes oddzielają San Pedro od Canindeyú Zachód: rzeka Paragwaj na granicy z Presidente Hayes
Klimat Klimat jest deszczowy i wilgotny. Przeciętna temperatura to 23 °C, zimą spada do 10 °C a latem wzrasta do 38 °C. Wilgotność powietrza wynosi od 70% do 80%. Opady deszczu osiągają nawet 1.324 mm na m².
Orografia i gleby Departament San Pedro to głównie ziemie osadowe na północy, bagna, doliny na południu.
Góry San Joaquín dzielą się na wzgórza: Curuzú, Corazón, Aguaray, Noviretá, Guaviray i San Miguel.