Następnie po epizodzie węgierskim, Zielona Góra wraz z księstwem głogowskim była zarządzana przez przyszłych królów Polski Jana I Olbrachta i Zygmunta I Starego, po czym w 1508 r. znalazła się bezpośrednio pod panowaniem Czech (do 1526 r. Jagiellonów, następnie Habsburgów).
Miasto przez niemal całą swoją historię związane było z Dolnym Śląskiem, a konkretniej księstwem głogowskim. Zielona Góra nigdy nie wchodziła w skład historycznej ziemi lubuskiej ze stolicą w (obecnie niemieckim) mieście Lubusz. Gród posiadał fortyfikacje i zamek (najprawdopodobniej jednak drewniany, stąd nie pozostał po nim żaden ślad, wskazówką jest m.in. stara nazwa ulicy Zamkowej nieopodal centrum miasta) – przedstawiał on jednak nikłą wartość strategiczną i najprawdopodobniej z rozkazu wizytującego te ziemie Jana Luksemburczyka został zburzony.
Od XVI w. do 1939 r. mały|lewo|Panorama miasta w połowie XVIII wieku Pierwszą znaną mapą, na której pojawiła się nazwa Grunberg, jest mapa Śląska Martina Helwiga z 1561Mapa Śląska Martina Helwiga w Bibliotece Cyfrowej Uniwersytetu Wrocławskiego..