Po śmierci Batorego pracował nadal, wraz z Zamoyskim, w kancelarii nowego króla Zygmunta III Wazy. Po śmierci kanclerza Zamoyskiego w 1605 współpraca Heidensteina z jego następcą Maciejem Pstrokońskim uległa znacznemu ograniczeniu: wyjechał ze stolicy i pozostawał głównie w swoich majątkach na Pomorzu. W 1607 roku jako sekretarz Zygmunta III Wazy był posłem na sejm z województwa pomorskiegoAnna Filipczak-Kocur, Senatorowie i posłowie koronni na sejmie 1607 roku, w: Przegląd Historyczny, 76/2, 1985, s. 299.. Ostatecznie odszedł z kancelarii królewskiej w 1612 lub na początku 1613. Pod koniec życia chorował, m.in. tracąc wzrok. Pochowany został początkowo w ufundowanym przez siebie w latach 1614–1616 kościele parafialnym w Sulęczynie, po miesiącu jednak (4 lutego 1621) jego zwłoki przeniesiono do opactwa cystersów w Oliwie. Epitafium na jego wspólnym z żoną grobie głosi1600 poślubił Teresę Erdmundę Konarską (1582-1658), córkę Michała Konarskiego i Doroty z Rembowskich. Ich dziećmi byli Jan Reinhold, kasztelan gdański, Zofia, wydana za Jakuba Oktawiana Konopackiego, kasztelana elbląskiego, Anna, żona Andrzeja Sapiehy, kasztelana wileńskiego, i Elżbieta, ksieni klasztoru benedyktynek w Żarnowcu.