Dopływami (od południa) są: Kopel, Cybina (9 km w mieście, największa z nich, w jej dolnym odcinku powstało zaporowe jezioro Maltańskie, powyżej którego dolinę zajmuje klin zieleni o charakterze parkowym i leśnym obejmujący między innymi Nowe ZOO), Główna (6 km w mieście), Głuszynka (7 km w mieście) oraz Struga Koźlanka.
Liczne dopływy i podział głównego nurtu Warty na wiele odnóg (do dziś zachowały się dwie obejmujące wyspę Ostrów Tumski, lecz kiedyś takie dzielnice jak: Piaski, Czartoria, Chwaliszewo czy Rybaki stanowiły osobne wyspy. Te zmiany zachodziły zarówno ze względu na naturalne procesy meandrowania rzeki, ale również, a nawet przede wszystkim wskutek prowadzonych prac hydrologicznych) tworzyły izolowane fragmenty wyższych teras tworząc tzw. "góry". Do dziś zachowała się Góra Przemysła i wzgórze św. Wojciecha, a zniwelowano Muszą Górę (teren obecnego pl. Wolności) i górę św. Marcina (pozostałością po niej jest silne opadanie ul. św. Marcin na wschód za kościołem i dużo słabsze na zachód).