W 1694 monastyr odwiedził Piotr Wielki. W drugiej połowie lipca 1711 ukazem Piotra I unicki biskup łucki Dionizy Żabokrzycki został za odmowę powrotu do prawosławia skazany na dożywotnie więzienie w monasterze, gdzie następnie zmarł.
mały|lewo|Ikonostas w soborze Po przewrocie bolszewickim (rewolucji październikowej) w latach 1923–1939 klasztor służył za obóz koncentracyjny OGPU/NKWD (Sołowiecki Obóz Specjalnego Przeznaczenia (SŁON)) dla więźniów politycznych, w którym zginęło kilkanaście tysięcy ludzi. Obóz sołowiecki posłużył jako prototyp dla systemu łagrów Gułag, rozwiniętego po 1929. Pod koniec 1923 w obozie znajdowało się 2557 więźniów, na początku 1931 już 71 800. W kolejnych latach liczba więźniów spadła do 19 tysięcy (1933). W 1937 obóz został zaadaptowany na więzienie NKWD. W 1939 miejscowość Sołowki stała się bazą szkoleniową marynarki wojennejTomasz Kizny, Czas Imperium, 1997..
W 1967 na terenie monastyru powstało Muzeum Sołowieckie. W 1983 wyspę opuściło wojsko, a archipelag otrzymał status rezerwatu. W 1990 w mury klasztoru powrócili mnisi Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej.