spowodował podzielenie zadań szkoły na dwa główne cele. Pierwszym najważniejszym było przeszkolenie pilotów lotnictwa rosyjskiego, pilotażu na samolotach pochodzenia niemieckiego. Drugi cel - wyszkolenie nowego personelu latającego został odłożony na później. Przeprowadzono 2 i pół miesięczne szkolenie teoretyczne. W pełni udało się tylko wyszkolić jednego nowego pilota podporucznika Świąteckiego. Pozostali uczniowie-piloci wobec skomplikowanej sytuacji wojennej wymagającej doraźnego wysyłania na front nowo tworzonych oddziałów zostali w roli obserwatorów przydzieleni do sformowanych w Warszawie 1, 4, 8 i 11 Eskadry Wywiadowczej.
W maju 1919 roku nastąpiła reorganizacja szkół lotniczych w Polsce. Szkoła w Krakowie została przemianowana na I Szkołę Pilotów, a Wojskową Szkołę Pilotów przemianowano na II Szkoła Pilotów w Warszawie. Po przeniesieniu kapitana Jana Malczewskiego na stanowisko Szefa Uzupełnień przy Inspektoracie Wojsk Lotniczych dowódcą szkoły został mianowany ppor. Garsztka, a po nim Jakubowski.
Na jesieni 1919 roku w związku z dużą koncentracją jednostek szkoleniowych w rejonie lotniska mokotowskiego oraz pożarem, który zniszczył większość sprzętu szkoły przeniesiono ją do Krakowa.