Z ssaków (127 gatunków) żyją tu zagrożone wyginięciem (EN) arirania amazońska, czepiak czarnolicy i Oxymycterus hucucha, narażone na wyginięcie (VU) andoniedźwiedź okularowy, tapir amerykański, zębolita olbrzymia i mrówkojad wielki, a także m.in.: jaguar amerykański, puma płowa, pakożer leśny, ocelot pampasowy, pakarana Branickiego, japok wodny.
Żyje tu 818 gatunków ptaków. Są to krytycznie zagrożone wyginięciem (CR) czubacz rogaty i ara różowooka, zagrożony wyginięciem (EN) andowik, narażone na wyginięcie (VU) ara zielona, kondor wielki i harpia wielka, a także m.in.: liściowiec boliwijski, mrówiaczek boliwijski, skalikurek andyjski, mnicha, dżunglarka tygrysia, elfik brązowy, andotukan czarnogłowy, chronka rdzawogłowa, zaroślak żółtowąsy, iskrzyk czarnogłowy, koszykarz czarnogardły, kusaczka rudolica, smukłodziobek boliwijski, rudoliczka rdzawobrzucha.
W parku występuje 105 gatunków gadów, w tym m.in.: Cercosaura eigenmanni, Bothrops jonathani, Bothrops sanctaecrucis, Micrurus frontifasciatus, kajman żakare, boa dusiciel i teju