Swoim parafianom w warunkach wojennych starał się nieść pomoc moralną w duchu chrześcijańskim i patriotycznym.
1 kwietnia 1949 r. objął administrację parafii w Poznaniu, 28 października 1951 r. został wybrany proboszczem. Mieszkał w domu Polskiego Towarzystwa Ewangelickiego przy ul. Kossaka 9. Wraz z radą parafialną starał się bezskutecznie o rewindykację jednego z przedwojennych kościołów poewangelickich. Mimo trudnych warunków lokalowych, ograniczonych do dawnej kaplicy cmentarnej, dbał o rozwój życia muzycznego zboru poprzez organizowanie koncertów. W 1949 r. wznowił odprawianie nabożeństw ewangelickich w Gnieźnie, w dzielonej z katolikami kaplicy szpitala Dziekanka. W 1955 r. odzyskał kaplicę cmentarną w Chodzieży, w której odbywają się nabożeństwa miejscowego filiału. Ponadto obsługiwał filiał w Lesznie. Za ofiarną pracę w sytuacji diaspory ks. Włodzimierz Missol był ceniony przez parafian. W 1960 r. złożył urząd duchownego i zamieszkał w Piasecznie koło Warszawy.
Jego żoną i współpracowniczką była Alma Missol z d. Majhofer, lekarz stomatolog (zm. 1 lutego 1987 r.). Zostali pochowani na cmentarzu ewangelicko-augsburskim w Warszawie (aleja 11, grób 38a) śp.