Dwa tygodnie po pierwszej wizycie FBI Qian Xuesen zdeklarował chęć powrotu do Chin. Do takiej decyzji przyczyniły się duma, honor i udział w poniżających przesłuchaniach. Jednak FBI i władze USA nie chciały, by osoba o takiej wiedzy opuściła kraj, więc pod zarzutem przynależności do organizacji wywrotowej trafił do aresztu. Po dwóch tygodniach wyszedł za kaucją, ale FBI cofnęło jego wizę oraz wszelkie przepustki i dostęp do tajemnic wojskowych. Uniemożliwiło to dalszą pracą zawodową. Przez 5 lat miał areszt domowy i był przedmiotem sporu między Urzędem Imigracyjnym a FBI. Pierwszy uważał go za nielegalnego imigranta i żądał jego wydalenia, a dla drugiego był potencjalnym zdrajcą, który nie powinien opuszczać kraju. Mimo starań jego amerykańskich kolegów-naukowców, osobistego wstawiennictwa Kármána i rektora Caltechu (uczelnia wynajęła też dla niego adwokata, Granta Coopera), w 1955 Qian Xuesen został ostatecznie deportowany. Po pięciu latach FBI uznało, że posiadane przez niego tajemnice nie są już tak istotne.