Ładunek naukowy Granica heliosfery Układu Słonecznego jest obrazowana poprzez mierzenie intensywności i położenia zderzeń cząstek, podczas których dochodzi do wymiany ładunku (ang. charge-exchange collisions). Daje to obraz fali uderzeniowej wiatru słonecznego.
Służą do tego dwa rejestratory atomów neutralnych o dużych energiach: IBEX-Hi i IBEX-Lo. Każdy z nich składa się z kolimatora zawężającego pole widzenia, powierzchni konwersyjnej do jonizacji atomów wodoru i tlenu, analizatora elektrostatycznego tłumiącego promieniowanie ultrafioletowe i wybierającego jony o zadanych energiach, oraz detektora zliczającego i identyfikującego poszczególne jony. IBEX-Hi i IBEX-Lo różnią się zakresami rejestrowanych energii jonów.
Orbita IBEX znajduje się na silnie wydłużonej eliptycznej orbicie okołoziemskiej. Duża odległość od Ziemi pozwala satelicie na wyjście z magnetosfery Ziemi i uniknięcie zakłóceń pomiarów jakie by spowodowała. Gdy statek znajduje się w ziemskiej magnetosferze (<70 000 km), pomiary naukowe są przerywane, a zebrane dane przesyłane są na Ziemię.