Jan w domu rodzinnym zdobył staranne wychowanie i elementarne wykształcenie. W wieku trzynastu lat rozpoczął studia na Akademii Krakowskiej. Od 1601 r. jego nauczycielem był ks. Szczęsny Żebrowski, matematyk z Akademii Wileńskiej, a i później ks. Tomasz Bucki, kustosz kolegiaty św. Michała na Wawelu i proboszcz w Pacanowie. W 1603 r. Jan Zebrzydowski został członkiem jezuickiej Sodalicji Mariańskiej. Był wiernym przyjacielem, obrońcą i dobrodziejem Towarzystwa Jezusowego, wspierając klasztor św. Barbary coroczną jałmużną.
W 1604 r. podczas wojny Austrii z Turcją dwudziestoletni Jan stanął na czele chorągwi, zwanej Milicją św. Michała, i wyruszył pod Ostrzyhom na Węgry. Kiedy przybył na miejsce, Turcy odstępowali od miasta. Mikołaj Zebrzydowski poczytał to wydarzenie za opatrznościowe, dlatego wysłał syna w 1605 r. na pielgrzymkę do kościoła św. Michała do Gargano w Apulii. Po drodze Jan zwiedził Hiszpanię, Francję, Niemcy i w 1608 r. powrócił do kraju.
Trzy lata później ożenił się z Barbarą Lubomirską, córką Sebastiana, kasztelana wojnickiego i jego drugiej żony – Anny Branickiej.