Port morski został formalnie ustanowiony w 1963 roku.
Warunki nawigacyjne thumb|180px|left|Zatoka Nowowarpieńska i Jezioro Nowowarpieńskie thumb|180px|Port Nowe Warpno, pirs postojowy thumb|180px|Port Nowe Warpno, pirsy rybackie thumb|180px|Port Nowe Warpno, nabrzeża|alt=
W porcie Nowe Warpno obowiązują następujące zasady ruchu statków cumujących przy nabrzeżu przemysłowym (odpraw granicznych)(§60. Przepisy portowe) Zarządzenie Nr 3 Dyrektora Urzędu Morskiego w Szczecinie z dnia 26 lipca 2013 r. (Dz. Urz. Woj. Zachodniopomorskiego z 2013 r., poz. 2932): maksymalna długość statków mogących zawijać do portu wynosi 40 m, a maksymalna szerokość – 8 m, aktualne dopuszczalne zanurzenie statków określa Bosman Portu Nowe Warpno, żegluga może odbywać się wyłącznie cyklicznie w odstępach nie mniejszych niż 30-minutowych w porze dziennej, wejście i wyjście statków z portu dozwolone jest przy widzialności powyżej 0,5 NM, warunki żeglugi przy sile wiatru powyżej 6°B każdorazowo określa Bosman Portu Nowe Warpno, łączna moc maszyn statku nie może przekraczać 300 kW.