W 1995 roku za menedżerskiej kadencji Tommy’ego Burnsa Bonner osiągnął swój ostatni sukces - zdobył Puchar Szkocji (wygrał go także w latach 1985, 1988 i 1989). Wtedy też Pat odszedł z zespołu, dla którego rozegrał 642 mecze, w tym 483 w lidze szkockiej. Jego miejsce w Celtiku zajął Gordon Marshall.
W 1995 roku Bonner został bramkarzem zespołu Kilmarnock F.C. Nie zdołał jednak wywalczyć miejsca w podstawowej jedenastce i przez trzy sezony był tylko rezerwowym dla Czarnogórca Dragoje Lekovicia, a także przybyłego w 1997 roku z Celtiku, Marshalla. W sezonie 1998/1999 był bramkarzem grającego w Division Two, Reading F.C. Karierę zakończył po tamtym sezonie i liczył sobie wówczas 39 lat.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1978/79 Celtic F.C.
Premier League 2 0 1979/80 Celtic F.C.
Premier League 0 0 1980/81 Celtic F.C.
Premier League 36 0 1981/82 Celtic F.C.
Premier League 36 0 1982/83 Celtic F.C.
Premier League 36 0 1983/84 Celtic F.C.
Premier League 33 0 1984/85 Celtic F.C.
Premier League 34 0 1985/86 Celtic F.C.
Premier League 30 0 1986/87 Celtic F.C.
Premier League 43 0 1987/88 Celtic F.C.
Premier League 32 0 1988/89 Celtic F.C.
Premier League 26 0 1989/90 Celtic F.C.
Premier League 36 0 1990/91 Celtic F.C.
Premier League 36 0