Podupadły po wojnie trzydziestoletniej zakon bożogrobców dopiero na przełomie XVII i XVIII wieku zaczyna odzyskiwać swoją dawną świetność. Stało się to za sprawą biskupa Ludwika Franciszka von Neuburga, który dysponował wówczas specjalnymi cesarskimi funduszami przeznaczonymi na wspieranie kościoła katolickiego na Śląsku. Pochodziły one z rekompensaty za oddane protestantom 122 kościoły, zgodnie z traktatem z Altranstädt, zawartym w 1706 roku.
Dzięki wsparciu biskupa najpierw w latach 1708-1713 powstał nowy budynek klasztorny. Później niedaleko pozostałości po starym kościele bożogrobcy wybudowali w latach 1720-1727 obecną świątynię. Autorem projektu i pierwszym budowniczym był pochodzący z Węgier Michał Klein, a od 1725 prace kontynuował Feliks Antoni Hammerschmidt.
Kościół i klasztor przylegały wprost do miejskich murów obronnych, zamykających wylot ulicy Brackiej. Świątynia, dzięki swym dwóm wysokim wieżom, jest widocznym punktem w panoramie miasta.
Po sekularyzacji z 1810 roku kościół na krótki czas stał się fabryką mydła. W XIX wieku w klasztorze znajdował się szpital, w latach 1949–1997 był on siedzibą Wyższego Seminarium Duchownego, obecnie mieści się tu Diecezjalne Gimnazjum i Liceum Humanistyczne oraz Diecezjalny Dom Formacyjny.