Jego samotnia zaczęła przyciągać uczniów, co stało się zalążkiem nowego, surowego i ascetycznego zakonu minimitów (braci najmniejszych). Do miejsca odosobnienia jako pierwsi przybyli Anioł Alipattii z Saraceny, Florentyn z Paoli i Mikołaj z San Lucido. W 1435 roku (podawany jest też rok 1436) zorganizował we Francji wspólnotę boni homines, eremitów św. Franciszka z Asyżu, zapoczątkowując nową gałąź franciszkańską.
W 1482, za namową papieża Sykstusa IV, udał się do Francji, by wyleczyć króla Ludwika XI. Misja była związana z wiarą w możliwość cudownego uleczenia króla. Pod względem religijnym ważniejsze było pojednanie z Bogiem, co nastąpiło przed śmiercią władcy (mówi się o nawróceniu króla w związku z jego konfliktem z Kościołem). Opracował reguły, rytuał (Caeremoniae) i przepisy (Correctorium) dla zakonu minimitów, nawiązując surowym ascetyzmem do eremitów wczesnochrześcijańskich i kultywując Mękę Pańską, imię Jezus i Matkę Boską Różańcową.
Franciszek pozostał we Francji do śmierci, zakładając nowe klasztory i pełniąc obowiązki doradcy Karola VIII. Mieszkał w jednym z zamków w Dolinie Loary Plessis-les-Tours. Zachorował w Niedzielę Palmową 1507 roku i wkrótce zmarł.