Następny kościół powstał z fundacji Władysława II Jagiełły, który poślubił w nim Elżbietę Granowską 2 maja 1417. Przy parafii wzmiankowana jest szkoła parafialna z 1380 roku oraz prawdopodobnie jej pierwszy przełożony „Marcus rector scholae”„Rocznik Zakładu Narodowego imienia Ossolińskich”, tom 5, 1953 str. 200.. W 1485 roku założony został szpital dla ubogich na przedmieściach z ich własnym murowanym kościołem pod wezwaniem Błogosławionej Dziewicy Marii„Hospitale pauperum 1485 fundatum habebat in suburbio propriam ecclesiam muratum sub Tit. Nativit. B. Virg. Mariae, cum praepositura.”, [w:] Schematismus D. Ritus Latini Premisliensis. Jasło. 1872. s. 76..
Proboszczem był tu m.in. kompozytor Sebastian z Felsztyna (w latach 1536-1543)Stefan Stefański, Sanok i okolice. Przewodnik turystyczny, Sanok 1991, s. 45.. Przykościelną szkołę kończył w tym mieście biskup Grzegorz z Sanoka oraz Jan Grodek rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego. Po śmierci Zygmunta I przebywała w Sanoku królowa Bona, która kościół parafialny przebudowała i ozdobiła„jam vero a Bona Sforza Regina reaedificata exornataque perhibetur”, [w:] Schematismus D. Ritus Latini Premisliensis. Jasło. 1872. s. 76.. Kościół ten spłonął w roku 1680 w czasie pożaru miasta, ale po pożarze został odrestaurowany przez ks. proboszcza Franciszka Goźlińskiego„ks.