Zasoby wodne mały|190px|Brynica w Kamieniu przy ujściu Jaworznika Miasto znajduje się w całości w dorzeczu Wisły, a odwadniane jest przez rzekę Brynicę. Drugi, co do wielkości ciek na obszarze miasta to Szarlejka dawniej zwana Bielczą. Jest to skanalizowany silnie zanieczyszczony ciek, do którego dziennie dostaje się około 5 tys. m³ ścieków komunalnych. Brzegi jej obudowane są wysokim wałem, a w części miejskiej Piekar Śląskich w latach 90. została ona przykryta. W 2007 zapadła decyzja o przeznaczeniu miliona euro na projekt „Czysta rzeka Szarlejka” – rekultywacja terenów doliny rzeki Szarlejki na cele przyrodnicze. Liderem projektu jest Radzionków, ale beneficjentami projektu będą również Piekary Śląskie i Bytom. Początek wspólnej inwestycji rozpocznie się prawdopodobnie w 2009.
Na terenie gminy Świerklaniec tuż przy granicy z Piekarami znajduje się zbiornik Kozłowa Góra. Obecnie przy zbiorniku działa „Stacja Uzdatniania Wody Kozłowa Góra” Górnośląskiego Przedsiębiorstwa Wodociągów.
Fauna i flora Na granicy Piekar, Bytomia i Chorzowa znajduje się cenna ostoja płazów oraz ptactwa wodno-błotnego Żabie Doły.