W roku 1864 powstało Terytorium Montany, zorganizowane na ziemiach leżących na północny wschód od pasma Bitteroot. Większość południowo-wschodnich ziem weszła w skład Terytorium Dakoty.
W końcu lat sześćdziesiątych XIX wieku Terytorium Idaho stało się celem rozgrywki pomiędzy demokratami z południa, którzy opowiadali się za Konfederacją w czasie wojny secesyjnej, a republikanami. Demokraci posiadali większość w lokalnych legislaturach terytorialnych, w związku z czym często dochodziło do konfliktów z republikańskimi, mianowanymi, gubernatorami. Walka polityczna była szczególnie zacięta w roku 1867, kiedy gubernator David W. Ballard wezwał na pomoc przeciw terytorialnej legislaturze wojsko stacjonujące w Fort Boise. Jednak do roku 1870 polityczne konflikty ustały.