Pius dodatkowo rozzłościł Napoleona, popierając koalicję antyfrancuską, a także odrzucił propozycję mediacji Hiszpanii. Rok później okupujący Mediolan Napoleon najechał Państwo Kościelne, wobec czego Pius musiał wycofać swoje potępienie Konstytucji cywilnej kleru. Został także zmuszony do wypłaty milionowej sumy pieniędzy i oddania cennych dzieł sztuki i rękopisów. Wkrótce potem Pius sprzymierzył się z Neapolem i Austrią, co spowodowało kolejny najazd Napoleona, zdetronizowanie papieża i ustanowienie Republiki Rzymskiej 15 lutego 1798. W 1798 papież został uwięziony i wywieziony do Sieny, następnie do Florencji i kilku innych miast. Później, ciężko chory i na poły sparaliżowany, został przetransportowany przez przełęcz Montgenèvre do Briançon, gdzie 30 kwietnia 1799 r. osadzono go pod strażą w miejscowym klasztorze. Gdy pod koniec maja generał Suworow zajął Turyn, papieża ewakuowano przez Gap i Grenoble do cytadeli w Valence, gdzie zmarł. Przed śmiercią miał powiedzieć: „Polećcie mojemu następcy wybaczyć Francuzom, tak jak ja im wybaczyłem”. mały|Grób Piusa VI w Grotach Watykańskich Kreował 73 kardynałów na dwudziestu trzech konsystorzach.