Rufina i dziekana Kolegium Kardynalskiego Gianfrancesco Albaniego) i tego samego dnia został koronowany.

Pontyfikat Na samym początku pontyfikatu Pius musiał zmierzyć się z problemem szerzenia się ateizmu i laicyzacji życia, pomimo wsparcia jakiego udzielały mu katolickie kraje: Francja, Hiszpania i Portugalia. Przeciw papiestwu wystąpił natomiast Neapol, który żądał zniesienia obowiązku składania hołdu feudalnego i prawa nadawania biskupstw, jednak Pius tych żądań nie spełnił. Na prośbę króla Polski Stanisława Augusta papież Pius VI poprzez brewe z 23 maja 1775 roku wydane dla biskupów polskich zniósł niektóre święta kościelne.

Dużo poważniejszym problemem była sytuacja w cesarstwie, gdzie Józef II usiłował wprowadzić Kościół państwowy zwany józefinizmem. Jego założenia opierały się na władzy króla – miał on podporządkować wszelkie sprawy duchowe państwu. W 1782 papież pojechał do Wiednia by dojść do porozumienia z cesarzem, lecz nie przyniosło to żadnego skutku. Podobna sytuacja miała miejsce w przypadku febronianizmu, który to zaczął szerzyć się w latach 80. w Niemczech (miał on umocnić prawa biskupów względem praw papieża). Kiedy Pius usiłował ustanowić nuncjaturę w Monachium, arcybiskupi Salzburga, Moguncji, Trewiru i Kolonii sprzeciwili się temu w obawie przed ograniczeniem ich praw. Biskupi niemieccy ustalili tzw.