Rozpoczął się długi okres walk i najazdów na pograniczu, które miał uspokoić dopiero znacznie później Bolesław III Krzywousty.
Bunt na Śląsku w obronie Zbigniewa Od czasu niepowodzeń w walkach z Pomorzanami także sytuacja wewnętrzna przestała układać się po myśli księcia i Sieciecha. Brak sukcesów w wojnie mógł uaktywnić opozycję, a to z kolei spowodowało po 1091 roku represje Sieciecha w postaci usuwania opozycjonistów z urzędów, sprzedawania w niewolę, wyroków wygnania, czego skutkiem było odnotowane pojawienie się w Czechach zbiegów politycznych z Polski, którzy zyskali poparcie czeskiego księcia Brzetysława II. Doprowadziło to do konfliktu z Czechami czego wynikiem było zaprzestanie w 1092 roku płacenia przez Polskę trybutu ze Śląska. Brak zapłaty trybutu doprowadził w 1093 do czeskiego najazdu na Dolny Śląsk, w wyniku którego Czesi zniszczyli tereny od Ryczyna po Głogów. To z kolei doprowadziło do odwetowej wyprawy Sieciecha na Morawy. W tym samym roku polscy opozycjoniści z pomocą czeską uprowadzili z saksońskiego klasztoru księcia Zbigniewa, a następnie w 1093 roku doprowadzili do buntu na Śląsku. Tamtejszy komes prowincji Magnus opowiedział się za Zbigniewem i przyjął przeciwników Władysława Hermana. Równocześnie czeski książę Brzetysław II najechał i zajął należącą do Polski Ziemię kłodzką.