W XVI wieku Zagora znalazła się w granicach Imperium Osmańskiego. Znaczna część miejscowej ludności uszła, a w jej miejsce osiedliła się ludność prawosławna. Na przełomie XVII i XVIII wieku kontrolę nad Zagorą przejęła Republika Wenecka. Wenecjanie podejmowali próby zreformowania miejscowego rolnictwa w duchu fizjokratyzmu. Następnie Zagora była kontrolowana przez Francję, by następnie stać się częścią Cesarstwa Austrii. W XIX wieku miało tu miejsce chorwackie i serbskie (wśród ludności prawosławnej) odrodzenie narodowe. Od końca XVIII wieku trwała tu budowa szlaków komunikacyjnych: Zadar – Knin – Split (1789) i Marmontova cesta (1813), łącząca Knin z Metkoviciem. W 1877 roku otwarto pierwszą linię kolejową. W Sivericiu w połowie XIX wieku rozpoczęto wydobycie węgla.
W 1918 roku Zagora stała się częścią nowo powstałego Królestwa Serbów, Chorwatów i Słoweńców, w latach 1929–1939 będąc częścią banowiny primorskiej, a w latach 1939–1941 Banowiny Chorwacji. W 1941 roku weszła natomiast w skład Niepodległego Państwa Chorwackiego. Ze względu na walki żołnierzy włoskich, czetników i komunistycznych partyzantów utworzenie stabilnej władzy nie powiodło się. W 1944 roku w okolicach Knina toczyły się zacięte walki.