Powtórnie skierowany do pracy w Łodzi w 1978, obok środowisk akademickich zajął się duszpasterstwem rodzin. Został także kapelanem powstającej w Łodzi Solidarności. Po wprowadzeniu stanu wojennego sporządzał listy aresztowanych i internowanych, podjął szereg inicjatyw na rzecz opozycji. Organizował pomoc dla rodzin zatrzymanych i samych aresztowanych, a także osób pozbawionych pracy i środków do życia. Powołał do życia Ośrodek Pomocy Uwięzionym i Internowanym, organizował specjalne spotkania dyskusyjne (tzw. spotkania środowe), odprawiał msze za Ojczyznę.
W 1989 został przeniesiony przez władze zakonne na Wybrzeże. Po upadku PRL został członkiem honorowym łódzkiego regionu Solidarności, w 1992 otrzymał także honorowe obywatelstwo miasta Łodzi. W 1995 otrzymał tytuł Honorowego Członka NSZZ „Solidarność”.
Ukazało się kilka książek jego autorstwa: Kazania stanu wojennego, Rozważania o Ojczyźnie (1998), Almanach Harcerski (1999).
Zmarł po długiej i ciężkiej chorobie. Pochowany został w Łodzi w grobowcu Jezuitów, na cmentarzu katolickim na Dołach.
Odznaczenia 3 maja 2007 Prezydent RP Lech Kaczyński odznaczył pośmiertnie o. Stefana Miecznikowskiego Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski..