Od 1991 był członkiem Gdańskiego Towarzystwa Naukowego. Od 1 lipca 1992 wykładał historię diecezjalną w Seminarium Duchownym w Pelplinie, był jednocześnie dyrektorem biblioteki seminaryjnej. Jako historyk specjalizował się w dziejach regionalnych, a zwłaszcza w biografistyce księży diecezji chełmińskiej. Był autorem ponad 300 publikacji, wiele artykułów umieścił w Polskim Słowniku Biograficznym, a także w innym zbiorowych opracowaniach (Słownik biograficzny Pomorza Nadwiślańskiego, Słownik polskich teologów, Słownik biograficzny konspiracji pomorskiej, Encyklopedia katolicka).
Zmarł w Gdyni. Został pochowany na Cmentarzu w Pelplinie. mały|Grób ks. Henryka Mrossa w Pelplinie Wyróżnienia 7 kwietnia 1995 Klub Studentów „Pomorania” przy Zrzeszeniu Kaszubsko-Pomorskim w Gdańsku przyznał mu Medal Stolema. W 1997 został Honorowym Obywatelem Miasta i Gminy Gniew (na mocy uchwały nr XLI/234/97 Rady Miejskiej w Gniewie z dnia 27 sierpnia 1997), a w 1998 – Honorowym Obywatelem Gminy Osielsko. W 1999 imieniem ks. Henryka Mrossa nazwano ulicę prowadzącą do kaplicy w Niemczu.