W listopadzie 1946 r. ks. Beran został mianowany arcybiskupem Pragi; 8 grudnia 1946 sakry biskupiej udzielił mu w Pradze arcybiskup Saverio Ritter (Nuncjusz apostolski w Czechosłowacji), przy współudziale biskupa hradeckiego Mořica Píchy i praskiego biskupa pomocniczego Antonína Eltschknera.
W 1948 r. zawiesił, po czym ekskomunikował ks. Josefa Plojhara. Pomimo nacisków nigdy nie odwołał ekskomuniki, natomiast Plojhar używał wszelkich wpływów, aby zastosowano jak najostrzejsze restrykcje przeciwko biskupowi. Kiedy władze chciały zwolnić Berana w 1956 r., wskutek nacisków Plojhara pozostał do 1963 r. w areszcie.
W 1949 r. ponownie został uwięziony, tym razem przez władze komunistyczne; do 1963 r. był przetrzymywany w różnych wioskach i więzieniach w Mukařovie (koło Pragi) i Radvanovie. Cały czas prześladowano go i śledzono. Między innymi, w tajemnicy dodawano do napojów i jedzenia arcybiskupa, oraz dbającej o niego zakonnicy, afrodyzjak, w nadziei na nakręcenie kompromitujących scen.