W latach 1941–1943 wikariuszem parafii był ks. Józef Kania. Zagrożony aresztowaniem 19 lutego 1943 roku opuścił Brzęczkowice, a 12 czerwca 1944 roku został zamordowany w KL Auschwitz. Na fasadzie brzęczkowickiego kościoła znajduje się tablica mu poświęcona.
W czasie okupacji Niemcy skonfiskowali materiały budowlane, zakazali zbierania kolekt na nowy kościół i szykanowali budowniczego kościoła. Po zakończeniu okupacji pojawiły się nowe trudności – głównie natury administracyjnej i finansowej. Mimo tych trudności 1 sierpnia 1945 r. dokonano poświęcenia miejsca pod budowę nowego kościoła. 10 kwietnia 1949 r. w murach nowego kościoła rozpoczęto odprawianie nabożeństw.
Pod naciskiem władz cywilnych w 1952 r. z parafii został odwołany proboszcz, a wszelkie prace budowlane zostały wstrzymane. W czasie tzw. odwilży październikowej ksiądz Franciszek Maroń powrócił do swojej parafii. Budowę kościoła dokończył w 1964 r., w kilka lat później to jest w 1969 r. przeszedł na emeryturę. Zmarł 31 stycznia 1984 r.