Mieli silną pozycję w Zgromadzeniu Reprezentantów i byli cicho popierani przez Prusy, które czerpały znaczne zyski z handlu z Wolnym Miastem.
Do roku 1827 stronnictwo Wodzickiego panowało niepodzielnie w urzędach i Senacie, sprawnie kierując organizacją administracji i skarbu. Do pierwszego większego starcia między Senatem a Sejmem doszło w 1817 roku, w związku ze zmianami, jakie Sejm dokonał w budżecie. Senat uznał te zmiany za bezprawne i Wodzicki odwołał się do cara Aleksandra. Car zatwierdził zmiany w budżecie, zakazując jednak na przyszłość Sejmowi dowolnego ich dokonywania. Wydarzenie to było pierwszym przypadkiem odwołania się władz Wolnego Miasta do dworu opiekuńczego. Taka ograniczająca suwerenność państwa praktyka stała się odtąd regułą w sporach wewnętrznych.
W roku 1820 doszło do zamieszek studenckich, co spowodowało zatarg między Senatem a uniwersytetem. Gdy rok później wykryto pierwszą tajną organizację młodzieży akademickiej („Orzeł Biały”) Wodzicki ponownie odwołał się do dworów opiekuńczych. Efektem tej akcji było ograniczenie autonomii uniwersytetu i władzy rektora, który wcześniej mógł pod względem wpływów politycznych konkurować z prezesem Senatu.