Próba ratowania zainfekowanego fragmentu okrętu okazuje się bezcelowa, zostaje on bowiem zajęty przez bio-mechanicznego wirusa posiadającego świadomość nazwanego przez Somtaaw Bestią. Nowy wróg od tego czasu rośnie w siłę, stopniowo infekując dużą część galaktyki.
Dalsza rozgrywka koncentruje wysiłki gracza na próbach pokonania infekcji. Flota Somtaaw angażuje się między innymi w ochronę konwoju Republiki Taiidan, w atak na placówkę badawczą Imperium Taaidańskiego, czy oblężenie bazy Jeźdźców Turanic. Współpracując z siostrzanym okrętem, innymi siłami Hiigaran oraz Bentusi, rozwijając swoje możliwości technologiczne i bojowe między innymi poprzez zdobycie Działa Oblężniczego Somtaaw stają się na tyle silni by zwyciężyć Bestię. W ostatnim akcie gry siły klanu Sommtaw mierzą się ze źródłem infekcji: ze statkiem o nazwie Naggarok – z niego pochodzi bowiem Bestia – i pokonują go, by w ten sposób wyzwolić galaktykę.