12 października razem z Edwardem Fincke (dowódca 18 załogi) oraz kosmicznym turystą Richardem Garriottem wystartował w kosmos na pokładzie Sojuza TMA-13. 2009 – 8 kwietnia na pokładzie Sojuza TMA-13 ląduje w Kazachstanie. 2012 – 26 listopada Roskosmos i NASA oficjalnie ogłosiły skład podstawowej załogi Ekspedycji 43/44. Łonczakow w marcu 2015 miał dowodzić statkiem kosmicznym Sojuz TMA-16M, a po przycumowaniu do ISS pełnić funkcję inżyniera pokładowego stacji w Ekspedycji 43 i być dowódcą stacji w Ekspedycji 44. 2013 – z dniem 14 września zrezygnował z pracy. Jego miejsce w planowanych ekspedycjach zajął Giennadij Padałka. 2014 – 7 kwietnia został mianowany dyrektorem Centrum Wyszkolenia Kosmonautów im. J. Gagarina w Gwiezdnym Miasteczku pod Moskwą zastępując na tym stanowisku Siergieja Krikalowa, którego kontrakt zakończył się 27 marca i nie został przedłużony.

Loty kosmiczne 40px|STS-100 STS-100 (Endeavour F-16);