Zniszczona cerkiew tomaszowska stała się ponownie świątynią parafialną, a miejscowi wierni (łącznie 550 osób) spontanicznie podjęli się jej odnowienia. W 1969 r. świątynia występuje w dokumentach już nie jako parafialna, lecz jako filia cerkwi w Hrubieszowie. W latach 70. cerkiew została okradziona.
Dopiero w latach 1983–1985 miał miejsce gruntowny remont obiektu, po którym świątynia mogła zostać przywrócona do celów kultowych. Liczba wiernych uczęszczających do cerkwi szacowana jest na kilkadziesiąt osób, chociaż w Tomaszowie zamieszkuje nawet 300 osób ochrzczonych w Kościele prawosławnym.
Cerkiew wpisano do rejestru zabytków 24 sierpnia 1979 r. pod nr A/194.
Na początku XXI w. cerkiew w Tomaszowie została poddana gruntownemu remontowi. Dofinansowana przez Ministerstwo Kultury, władze miejskie, starostwo powiatowe i Urząd Marszałkowski Województwa Lubelskiego renowacja obejmowała wymianę konstrukcji i pokrycia dachu nad nawą, impregnację drewnianych elementów konstrukcji dachu, wykonanie i instalację rynien. Świątynia otrzymała ponadto dar – marmur potrzebny do wykonania nowej posadzki od prywatnego darczyńcy z Grecji. Wcześniej odremontowane zostało pięć kopuł cerkiewnych (wymiana dachu, remont krzyży i kul, remont tynków elewacji). Cała cerkiew jest też od listopada 2012 r. iluminowana. W 2025 r.