Od 27 kwietnia 1940 dowódcą był kmdr por., później kmdr Philippus van Straelen. Od stycznia 1941 okręt eskortował statki i konwoje w Azji Południowo-Wschodniej, z innymi okrętami alianckimi. Intensywność działań wzmogła się po przystąpieniu Japonii do wojny 8 grudnia 1941. Krążownik pełnił wówczas głównie służbę konwojową w rejonie Singapuru i cieśniny Sunda.
13 lutego 1942 wszedł w skład Zespołu Uderzeniowego (Striking Force) międzynarodowych sił alianckich ABDA, dowodzonego przez kontradmirała Karela Doormana. 15 lutego zespół wyruszył w celu przechwycenia japońskich transportowców w pobliżu wyspy Bangka, lecz operacja nie powiodła się wobec ataku japońskiego lotnictwa pokładowego, skutecznie odpartego. W nocy z 19 na 20 lutego okręt w składzie pierwszego zespołu zaatakował japońskie niszczyciele i transportowiec w cieśninie Badung koło Bali, jednakże mimo przewagi aliantów, bitwa w cieśninie Badung zakończyła się niepowodzeniem. Hr.Ms. „Java” uszkodził transportowiec, sam otrzymując jedno niegroźne trafienie w rufę. 27 lutego 1942 okręt wraz z innymi jednostkami sił ABDA wziął udział w bitwie na Morzu Jawajskim z japońskimi krążownikami i niszczycielami, podczas której o godz.