Najstarsze wyspy na wschodzie archipelagu utworzyły się kilka–kilkanaście milionów lat temu, najmłodsze – na zachodzie – są jeszcze w procesie tworzenia.
Ostatnie znane erupcje poszczególnych wulkanów archipelagu: 1150 – Ecuador 1813 – Darwin 1906 – Santiago 1928 – Pinta 1991 – Marchena 1993 – Alcedo 2008 – Cerro Azul 2015 – Wolf 2018 – La Cumbre 2018 – Sierra Negra 2022 – Wolf
Klimat Klimat determinują przebiegające w pobliżu zimne prądy morskie – mimo położenia wysp na równiku panuje tu klimat podrównikowy łagodny i suchy. Temperatura powietrza rzadko przekracza 27 °C w ciągu dnia. Temperatury wody wokół wysp wahają się od 16 °C do 28 °C, w zależności od położenia i pory roku.
Występują tu dwie pory roku: pora sucha – garúa (od lipca do grudnia) i pora deszczowa (od stycznia do czerwca). W okresach granicznych pomiędzy porami (maj-czerwiec i grudzień) pogoda jest bardzo zmienna a długość okresu przejściowego waha się z roku na rok.