Jej rodzina odnalazła ją w klasztorze, robiąc jej wyrzuty, lecz dziewczyna, okazując ogoloną głowę, dała do zrozumienia, że nie zmieni decyzji. Po kilku dniach Franciszek przeniósł Klarę do innego kościoła benedyktynek – św. Anioła di Panzo. Tam dołączyła także siostra Klary – Agnieszka, a Franciszek dokonał jej obłóczyn. Po pewnym czasie do żeńskiej wspólnoty zaczęły dołączać kolejne kobiety (między innymi matka Klary – Ortolana], więc Biedaczyna przeniósł je do kościoła św. Damiana, który kiedyś odnowił. Przygotował także dla nich zasady życia, które stały się podstawą dla klauzurowego zakonu klarysek.
W kilka lat po zamieszkaniu w San Damiano Klara została przełożoną wspólnoty. W 1216 roku Innocenty III napisał i nadał klaryskom przywilej ubóstwa. Z uwagi na surowe życie pokutnicze, w połowie lat 20., Klara zaczęła poważnie chorować. 17 września 1228 roku Grzegorz IX zatwierdził przywilej ubóstwa. W 1247 roku Klara rozpoczęła pracę nad regułą zakonu, a trzy lata później napisała testament, z uwagi na pogorszenie się jej stanu zdrowia. Rok później odwiedził ją kardynał Rinadlo Conti, protektor franciszkanów, który 16 września 1252 roku zatwierdził regułę listem Quia vos. W 1253 roku w San Damiano pojawił się Innocenty IV i udzielił wiatyku. 9 sierpnia papież wydał bullę Solet annuere, w której potwierdza regułę klarysek.