Amiga 2000 (i jej odmiany) znalazły też zastosowanie w placówkach naukowych i militarnych. Amerykański ośrodek badania fizyki cząstek elementanych SLAC wykorzytywał Amigi głównie jako terminale graficzne połączone z komputerami klasy mainframe, wykorzystując możliwości graficzne oraz multitasking w pracy nad analizą danych z akceleratora cząstek elementarnychdo pracy naukowej Amigi były również wykorzystywane w CERNie. Z kolei Armia Stanów Zjednoczonych (z udziałem NASA) wykorzystywała Amigi w systemach symulacyjnych do treningu pilotów.
Druga generacja (A500+, A3000, A600) Kolejne lata przyniosły przede wszystkim Amigę 3000 (w 1990 roku), pierwszy w pełni 32-bitowy, profesjonalny komputer tej marki. Ulepszony nieco chipset (grafika w wyższych rozdzielczościach) oraz pod wieloma względami lepszy system operacyjny w wersji 2.0 znalazły też zastosowanie z odświeżonych wersjach komputerów domowych w postaci Amigi 500+ oraz, nieco później, Amigi 600.