10 grudnia 1624 Stanisław i Władysław Stadniccy zjawili się z wojskiem na sejmiku w Wiszni, który miał obradować na temat ich rehabilitacji, aby siłą wymusić swoje żądania. Ostatecznie sejmik zakończył obrady, a w odwecie starosta przemyski Marcin Krasicki zorganizował przeciw braciom wyprawę zbrojną. Wyprawa zakończyła się klęską braci Stadnickich. 21 grudnia 1624 brat Stanisława został zamordowany, Stanisław zaś zdołał się schronić u wojewody ruskiego Stanisława Lubomirskiego. 13 sierpnia 1625 wytoczył Marcinowi Krasickiemu proces o „gwałt, rabunek i morderstwo”. W 1626 sprzedał połowę, a dwa lata później całość dóbr w Łańcucie wojewodzie ruskiemu Stanisławowi Lubomirskiemu, aby spłacić grzywny za szkody poczynione przez jego ojca i starszych braci. Po sprzedaniu rodzinnego majątku najprawdopodobniej opuścił ziemię przemyską i osiadł w województwie krakowskim. Żył jeszcze w czasie potopu szwedzkiego.
Małżeństwa i potomstwo Stanisław Stadnicki był trzykrotnie żonaty. Jego pierwsze dwie żony Anna Mstowska herbu Szreniawa i Jadwiga Wilkoszewska herbu Jelita prawdopodobnie zmarły w tragicznych okolicznościach.