W ten sposób natknął się na braci Elric i zwerbował Edwarda.
Przez jakiś czas przebywał ze swoimi podwładnymi w East City, jednak po pojawieniu się Scara – Mustang zostaje przeniesiony do stolicy. Do jego najbliższych współpracowników należą: porucznik Riza Hawkeye, starszy sierżant Kain Fuery, chorąży Vato Falman, podporucznik Heymans Breda i podporucznik Jean Havoc. Wkrótce potem zamordowany zostaje jego przyjaciel, podpułkownik Maes Hughes. Wkrótce potem o to zabójstwo została oskarżona podporucznik Maria Ross. Pułkownik nie uwierzył w jej winę i zaaranżował jej zabójstwo, a następnie pomógł uciec do Xing. Kiedy wpadł na trop homunkulusów i udał się na ekspedycję wraz z porucznik Hawkeye, podporucznikiem Havociem i Alphonse'm Elriciem, został poważnie raniony przez Lust. Wypalił jednak swoją ranę, a następnie spalał ciało Lust, do momentu, aż jej kamień filozoficzny nie stracił swej mocy. Wkrótce potem Mustang orientuje się, że King Bradley także jest homunkulusem i w wyniku tego podejmuje współpracę z sędziwym generałem Grummanem. Kiedy Bradley dowiaduje się o podejrzeniach pułkownika, wysyła jego współpracowników na cztery strony świata, a porucznik Hawkeye mianuje swoją adiutantką, czyniąc z niej zakładnika. Jego samego nie zabija, gdyż Mustang jest jednym z kandydatów na „ofiarę”.